扬州失守，史可法殉难的消息传到南京，弘光小朝廷顿时陷入一片惊慌失措当中，弘光帝立即召集他的高级阁员协商。
钱谦益主张，首都应该迁得更南，比如可以尝试迁到贵阳去。不过，弘光帝反对这个建议，但也拒绝接受马士英的意见，即把朝廷撤到长江南岸防线可能有希望沿长江固守这道防线。
显然，他已经被吓坏了。
南明防守下游的部队是由47岁的杨文骢率领的。
杨文骢，字龙友，号山子、雪斋、阿龙、鹤巢，贵州人士，流寓金陵（南京），于1619年中举人，六次会试不中，1634年选为华亭县教谕，后迁青田、江宁、永嘉等知县。据史料记载，此君博学好古，善画山水，为“画中九友”之一，还是马士英的连襟。
尽管他在1644年因为贪污问题被免去了江宁（南京）的地方长官职务，但在次年又被擢升为弘光政权的右佥都御史，同时接管了南京的长江防务。
1645年5月29日，多铎的部队渡过瓜洲，抵达长江。次日，多铎沿着与大运河相交的长江北岸摆开阵势，与杨文骢的水军以及福建水军指挥郑鸿逵——郑芝龙的兄弟——形成了对峙。
6月1日深夜，清军把一些粗粗赶制的木筏送进江中并用火把照亮。不出所料，明朝水师中了对方的圈套，以为是敌人进攻了，浪费了大量弹药。
见对方中计，多铎命梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄、杨承祖等部乘船渡江，在金山击败了郑鸿逵的福建大军后，登上南岸，占领镇江。很快，清军陆陆续续渡江。
见失败难以挽回，郑鸿逵和他的士兵慌忙逃往长江，然后从海上逃往福州，在那里他帮助了唐王登基，也就是隆武帝，大约在1657年前后卒于金门。
杨文骢先是跑到了苏州，领导了江南的抵抗运动，后来也加入了隆武帝政权，升任浙闽总督，不幸负重伤被执，谕降不屈，被杀，举家三十余口同时遇难。
伴随着镇江的沦陷，清军主力开始进军南京。
据《明季北略》所载，束手无策的弘光帝召来宦官韩赞周询问对策，韩赞周说：
这次敌军来势汹汹，我方兵力薄弱，无论是坚守还是议和都是不可行的。不如陛下亲自率军出征，如果成功，就能保住国家；即使不成功，也可以保全自身。
只不过，弘光帝根本不具备与敌人决一死战的英雄气概，他选择一走了之。
6月3日晚，大概在晚九点至十一点间，他在没有做出任何部署的前提下，从通济门出逃，随行只带了太后、一位妃子以及一些宠信的宦官。
对此，南明朝廷的公卿大臣们几乎一无所知。
在一些戏剧或历史传说当中，这位落荒而逃的“皇帝”在不断哀叹着自己失败的同时，还受到了不同程度的背叛。
比如有记载认为，面对清军的围追堵截，弘光帝在百川桥畔选择自尽。在临死前，他像崇祯一样绝望地表示，“我家养士300年，现如今，众官何以如此绝情弃我而去？”
但现实情况是，弘光帝在逃出首都后，先是跑到了太平（当涂）境内，而在此镇守的刘孔炤确实没有向他打开城门。
但在6月5日，他于安徽中部长江南岸铜陵的黄得功营地找到了避难所。
见到狼狈的弘光帝，黄得功惊讶地流着泪说：“陛下如果死守南京，我们还能够尽力抵抗，您为什么听信奸贼的话，以至于匆匆忙忙来到这里？况且我正在对敌作战，怎么能够保护您的车驾？”弘光帝说：“除了你我是无可依靠了”。黄得功流着泪说：“我愿意为陛下您效死。”
6月15日，已经降清的刘良佐到达了黄得功的营地，并要求弘光帝主动投降，但黄得功拒绝了。就在双方对峙的过程中，一支箭飞来，射在了他的咽喉偏左的地方。黄得功知道一切都完了，就扔了刀，拾起了刚才拔下来的箭，倒在了血泊之中。
临终前，他感叹道：
我从年轻时参军到现在，已经六十三岁了，战必胜攻必取，承蒙国家恩典成为上将，爵位封到了侯爵。我的志向在于收复北京和南京，完成大明的中兴大业。如今，不幸贼人从身边兴起，击中了我的要害，这难道不是天意吗！大丈夫要死就痛快地死，不能被人侮辱！
他的妻子翁氏听罢此言后，当即选择自尽，总兵翁之琪投江而死，但另外两名副将马得功和田雄，马上就把弘光帝交给了刘良佐，并且投降了清朝。
根据《江南见闻录》中的记载，6月4日拂晓，弘光帝出逃的消息就已传遍了南京，城内顿时乱作一团。
文武官员们一时间全都躲藏逃散，即便有不走的人，也会把自家门前的官衔标识全都洗刷掉；男女百姓们一窝蜂般涌出城门，扶老携幼的人，多得数不清。
其中偶尔有容貌姣好的年轻女子，因为缠足（金莲）走路艰难，一步一挪，看到的人心里都感到难过。
不过，这些人出了城又返回来的，十有八九，因为路上兵荒马乱。不久城门关闭，那些想回来却回不来的人，十个里有两三个，最终不知道他们的结局如何了。
还有一部分人决定，将“假太子案”中被投入大牢的“假太子”王之明“推举”为新君。
他们带着作为人质的大学士王铎，打进了城内的监狱，要求狱长指太子给他们看。因为害怕，狱长很快就屈服了，尽管他一个劲地发誓说，把这个年轻人投进监狱的不是他而是马士英，但还是差点儿被这些暴民杀死。
由于太子的说情，王铎的性命得以幸免。
人们把这个假太子扶到马上，穿过新华门，拥入武英殿。这些人没有时间为这个冒牌者的登基进行准备，但是在发现一个箱子里存有戏剧服装之后，便挑选了一件戏剧中皇帝穿的龙袍给这个年轻人穿上。
他穿着这件漂亮的龙袍，坐在弘光帝旧日的皇位上，众人便围在阶下高呼万岁。此前连着几天，天气都是阴云笼罩。凑巧的是，这一天的天空却放晴了。对此，旁观的人们认为，灿烂的阳光是一种好兆头。
有观点认为，让假太子登上皇位，是城市百姓的一种自发行为。由此可见，与其说他是学士和高官的君主，还不如说是庶民和小吏们的头领。几个小时后，几乎南京各部门的中下级官员们陆续向这个“新君”表达了效忠。
不过话说回来，愿意为之效忠的高级官员少之又少。实际上，这位假太子的登基，在那些曾经建议福王把这个年轻人关进监狱去的人当中引起了一片恐慌。
其中，反对这位假太子登基最为坚决的，无疑是拥兵弘光帝即位，进东阁大学士兼兵部尚书的马士英。
不过，就在王之明身着戏服加冕之时，他已经平安地抵达城外，在400名贵州籍精兵的保护下前往南方。
有观点认为，马士英是与弘光帝一同逃出城的，也有人认为二人并未在一起。但不管怎么说，他的不光彩的名声一直留在了整个南方地区。
马士英不论走到哪里，几乎都会遭到反对。可即便如此，他仍在不断地努力以再次加入到南明的事业中去，即使是在福建，还是站在复明分子一边继续奋斗。不过，到他最后被俘并在浙江一个集市上被砍头示众为止，他的名声还是没有能够挽回。
作为一个在南京陷落时不光彩地怯懦出逃的大臣，马士英一直是弘光政权所有弊端的象征。对此，思想家刘宗周后来评论道：“士英亡国之罪，不必言矣。焉有身为宰相，弃天子，挟母后而逃者。”
不妨说，马士英的行为是如此的不光彩，以至后续那些决定投降的人，倒像是合情合理的——他的行为既然如此卑劣，那么我们投降是可以接受的。
有观点认为，钱谦益是最早知道马士英出逃的高级官员。在路过马士英的住宅时，他看到大门洞开，守门的卫兵已无影无踪。
于是，钱谦益、负责南京守备的赵之龙以及大学士王铎三人，组成了一个残缺不全的政府，他们在6月6日召集大臣们开会，以讨论这个政权的命运。
总的来说，投降几乎成为了大部分人的普遍共识。尽管也有一些官员表示，应该让假太子正式登基。对此，赵之龙当即提出了反对意见。原因很简单，如果在这个时候加冕一个新君，那么后续围绕投降的谈判就要受到牵连。
可即便如此，当清军兵临城下，赵之龙正在安排欢迎多铎的准备仪式时，还是有几个大臣被深深地激怒了。比如赵之龙准备封检户部库房时，时人户部侍郎刘成治奋拳痛揍了他一顿。
不过，在6月8日多铎来到南京郊外的时候，实际上，应该说整个南明政府都在那里迎接他。两个御史首先欢迎他，
随后，在一阵突如其来的、把人淋得透湿的暴风雨中，由赵之龙率领下的其他149名南明文官，在首府门外列队迎接那位径直扎营于城市主门前的豫亲王多铎。
多铎受到的欢迎，和多尔衮在北京受到的欢迎几乎如出一辙。作为“交换”，满人在表达了对明皇陵的担心的同时，给予了这些官员丰厚的封赏。
比如赵之龙被授予了“世职三等阿思哈尼哈番（男爵）”的爵位，王铎成为了礼部郎中，司掌弘文院的工作，负责编写了《清太宗实录》，并主持了1647年的殿试。
就在多铎于军营中宴请南明高级官僚的同时，南京城内的胥吏与平民们，都在聚集观看着新贴出的公告。公告历数弘光帝的宴饮无度、内阁官员的贪赃枉法与仗势欺人，并宣告这些积弊即将得到整肃，新的政权将保护百姓的正当利益。
与在入关之初如出一辙，清军给亲眼目睹他们接管城市的南明官民们留下了深刻印象。早在清军入城前，赵之龙已下令家家户户备好香炉，并在黄幅上书写“顺民”、“大清皇帝万万岁”等字样，悬挂于门前。
待到6月16日诸事齐备，南京巍峨城墙上的玄武门在沉重声响中缓缓打开，多铎身着红色绸服，率领满汉军队开进城内。
安顿士卒之际，也出现了一些小摩擦。
城图上自通济门至大中桥画有一条界线，将城区分为东北与西南两半。清军驻扎在界线以北，南京居民则居于界线以南。这很快引发了一些麻烦，因为许多住户不得不收拾行装，穿过清军防区，迁入指定居住区域，引发了房价的飞涨。
不过，正如在北京时一样，这种居民迁移确实减少了满军驻防区的犯罪，尤其是强奸案件。因为这支被刻意分隔的部队受到严格约束，违纪行为将遭严厉军法惩处。
此举既为整肃军纪，也为在南京市民心中树立良好印象。比如在6月16日，多铎下令将八名因违纪抢劫被捕的旗人公开处决，以儆效尤。
多铎入城之后，他首先向赵之龙询问的事情涉及到了假太子。满族上层人物显然把他当成了真正的王位继承者。
6月17日，赵之龙带着王之明来到了多铎的大营。
多铎告诉赵之龙，我们一时不能确定真假，一切等我们回到北方以后就会清楚的。但多铎似乎已经认定，王之明可能真的前明太子。
6月18日，弘光帝被押解到了南京城。
据史料记载，当天中午，弘光帝乘坐没有帷幔的小轿进城，头上包着头巾，身上穿着蓝布衣服，用油纸扇遮着脸。太后和妃子骑着驴跟在后面，道路两旁的百姓纷纷唾骂，还有人投掷瓦片和碎石。
一行人等入城后，弘光帝马上就被带到了灵璧侯府邸，那里正在举行一个宴会，宴会的主人是多铎，客人有假太子和赵之龙等南明礼部官员。
多铎不仅故意让弘光帝坐在了假太子的下位，又生怕弘光没有觉察到这种悔辱，便尖刻地指责他篡夺王位。
为什么——多铎质问道——弘光帝没有把皇位让给名正言顺的太子？为什么他没有派出一兵一卒去攻打大顺农民军？为什么满兵占领扬州的消息刚一传来，他就擅自逃离了南京城？
面对一连串的质问，就连假太子也被吓了一跳。他试图为弘光帝辩护，他说他最初还是得到了款待，只是由于奸臣干政才变糟了。
不过，多铎还是不紧不慢地挖苦弘光帝说，如果他在清军渡黄河以前主动向清军发起进攻，那么南明军队本来是有机会取胜的。
接下来，弘光帝想替自己辩护，但已经无言以对，而且已经汗流浃背了。他只有在众人面前难堪地低下头来，装聋作哑。宴后，他又被送到南京城外监禁。
尽管多铎后续在几个南明官员的陪同下去看望了弘光，但也只是为了打听一下马士英的下落而已。可以说，这位昔日的“皇帝”已不再是一位公开露面的人物了。
随后，他被解往北京，在那儿他一直没有公开露面过，并且第二年就被秘密地处死了。
接着，假太子也在清军一个无人知晓的营地销声匿迹了。从那以后，外人再也没有看到他。据说在清政府的命令下，他在1646年5月23日与其他一些名字被义军所利用了的前明皇子们，一道被集体处决了。
6月19日，多铎下令发布了多尔衮对江南老百姓的一道特别赦令。翻译成白话文，主要内容是这样的：
除了同意大赦，许诺主动投降的官员以官职和升迁之外，多尔衮的这道赦令，始终贯穿着一种不容置疑的坚定口吻——似乎是要使人们更加相信——满人统治这个帝国的决心。
晚明社会复杂混乱，政局动荡不定，派系变幻，观念歧异，本是这一时代的特色；但正是清朝这类赦令文告中表现出的那种君临天下的口吻，大大消解了那种惶乱犹豫。
尽管对南明官员的罪过施加了高压措施，这种声明中充分的自信，却令不少人为之折服了。6月19日，大多数南明的官员来到了多铎的军营，把自己的名字登记下来，以供清政权任用。
但是，曾经痛打过赵之龙的户部郎中刘成治选择闭门不出。后来他听说，多铎命令所有官员前去谒见，外出请假的人必须登记后，慨然说道，“国家养士三百年，难道就没有一个忠义之人来报答历朝历代的恩德吗？”
随即在墙上题诗——“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳”——然后自缢而死。
礼部仪制司主事黄端伯，选择了一种更为激烈的殉难方式。
他不仅拒绝了友人让他扮成老僧逃往深山的建议，还傲慢地拒绝了多铎的召见。多铎大怒，将其关押。在狱中，他谈笑如常，并作《明夷录》言：“丹心倾汉室，碧血吐秦廷”以明其志。
7月9日，清廷颁布剃发令。对此，他指颈说：“我宁剃（杀）头不剃发”。两个月后，多铎再劝其投降，并威胁说：“不降则戳！”黄端伯誓死不降，多铎命杀之。
黄端伯整肃冠履，昂首引颈受刃。刽子手心惊目眩，不敢举刀，黄端伯厉声说：“何不刺我心！”临刑前，“端伯面北遥拜，颜色不少变，观者万余，焚香拜泣”，连多铎也叹称，“南来硬汉仅见此人”。
黄端伯死后，清军将其敛尸入棺，并将其灵柩叠至家乡新城，葬于忠孝桥侧，乾隆时赐谥烈愍。
除此之外，选择自缢的刑部尚书高倬以及国子监生吴可箕等人，也在一定程度上为汉人士大夫阶层赢得了荣誉。
但不可否认的是，绝大多数知识精英们，都成为了真正意义上的被降服者。
比如钱谦益和王铎就共同拟就了一份公开声明，在为他们与清廷的合作辩之余解，向人们发出了归顺的号召：
自辽、金、元以来，从北方草原入主中原的政权，虽然往往以“有道讨伐无道”为名，但无不抛弃诚信、制造事端，借问罪之名发动战争。但可曾有像大清这样，以讨伐贼寇为旗号兴师，以救援道义为动机奋起，驱逐我中原不共戴天的仇敌，报我先帝死不瞑目之仇，洗雪耻辱、铲除凶逆，功业高出千古的政权吗？
对于这个冗长的、精心措辞的设问，其回答显然就是——从没有任何一个征服王朝可以和大清相提并论。
紧接着，这份声明以近乎谄媚的口吻表示：
现如今，清朝恢复了首都的秩序，重修了皇陵，安抚了皇帝的在天之灵，平息了官员的悲愤，照顾了皇室，给百姓带来了和平，给官员以工作，继承了前朝旧制。
更何况，清军进入南明首都南京之日时，太阳突然普照中天，清兵受到了纪律约束和限制，因而城里的百姓们又可以自由地赶集，“三代之师于斯见之”。毫无疑问，南明的官员们已经投降了这支正义之师。
当然，满人也在私下里对那些改换门庭的汉人表现出了相当地蔑视。我们可以从多铎上奏的奏疏中看出——它在叙述扬州毫无希望的抵抗时令人惊奇地简略，却把南京那些可耻的投降者一一列举了出来：
当然，伴随着南明弘光小朝廷的灭亡，这种屈辱的投降深深激怒了那些听到这个消息的文人学士，因而他们对明朝的忠诚，反而加强了。在一首叫做《赭山》的诗中，两位忠君殉难者潘柽章与吴炎如是写道：
阮与马共天下，偏地职方司漫天。都督府金舆玉辇不知处，黄旗紫盖渡江去，赭山高兮无极，烈火烧空兮焦石，烛龙无光不照地，猩猩怒嗥向人立。我纵言之复何益，主失势兮恩为仇，客操柄兮羊化彪。
翻译成白话文，大致是说：
阮大铖与马士英共同把持朝政，天下仿佛成了他们二人的天下，各地的职方司（兵部下属机构）官员多如漫天飞絮。都督府里那些原本乘坐金舆玉辇的权贵们，更是不知逃往何处，只见打着黄旗、撑着紫盖的仪仗匆匆渡江南逃。
赭山高耸啊望不到尽头，烈火烧空啊岩石焦黑，烛龙失去了光芒不再照亮大地，猩猩愤怒地咆哮着向人直立。我就算把这些都说出来又有什么用呢？君主失势啊，恩情反成仇怨，客卿（指外来掌权者）操持权柄啊，温顺的羊变成了凶恶的虎彪。
也就是说，一部分士大夫的卑怯归顺，倒也刺激了另外一些士大夫们更强烈的抵抗。只不过，伴随着1661年永历帝的被俘，南明就此化作了历史的尘埃，所有的抵抗就此告一段落了。
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